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清除脂類氫過氧化物
GSH-Px的主要作用是清除脂類氫過氧化物。GSH-Px可催化LPO分解生成相應的醇 ,防止LPO均裂和引發脂質過氧化作用的鏈式支鏈反應 ,減少LPO的生成以保護機體免受損害。 
清除H2O2
腦與精子中幾乎不含過氧化氫酶，而含較多的GSH-Px，代謝中產生的H2O2可以被GSH-Px清除。即使含過氧化氫酶較多的組織，仍需GSH-Px清除H2O2，因為在細胞中過氧化氫酶多存在于微體，而在胞漿和線粒體中卻很少，組織中較多的GSH-Px可及時清除H2O2；如有的病人缺乏產生過氧化氫酶的基因，但GSH-Px可清除H2O2，故H2O2損傷組織不明顯。 
減輕有機氫過氧化物對機體的損傷

大鼠谷胱甘肽過氧化酶(GSH-Px)ELISA試劑盒

在病理生理情況下，活性氧如•OH可能誘發脂類過氧化，除了直接造成生物膜損傷外，還可以通過脂類氫過氧化物與蛋白質、核酸反應，使機體發生廣泛性損傷。如果GSH-Px清除脂類氫過氧化物能力不受影響，機體的損傷就可減輕。除了脂類氫過氧化物外，還可能出現其他有機氫過氧化物，如核酸氫過氧化物、胸腺嘧啶氫過氧化物，這兩者屬于致突變劑，GSH-Px清除有機氫過氧化物的作用可降低致突發生率。脂類過氧化也是細胞老化的原因之一，預防脂類過氧化可延緩細胞老化，所以GSH-Px在預防衰老方面起到重要作用[7]。 
參與前列腺素合成的調節
前列腺素在體內分布較廣，其合成原料為花生四烯酸。但在環氧酶與脂氧合酶的作用下，花生四烯酸尚可氧化成某些氫過氧化物(ROOH)。這些氫過氧化物顯著干擾前列腺素的生物合成。在GSH-Px的作用下，ROOH可轉變為無活性物質(ROH)，故GSH-Px對前列腺素的生物合成起到調節作用。 
其他作用
硒和GSH系統在氧化防御反應中起著關鍵作用。其他含硒蛋白也有抗氧化特性。硒蛋白和有機硒復合物可以催化過亞硝酸鹽反應生成NO2，在預防過亞硝酸鹽的生成中也起著重要作用，可以保護細胞免受過亞硝酸鹽的損害。

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